Die molekulare Zytogenetik (Fluoreszenz in-situ Hybridisierung (FISH)) verbindet Methoden der klassischen Zytogenetik mit denen der Molekulargenetik.  Mit der FISH lassen sich Nukleinsäuren direkt in Geweben, Zellkernen oder Chromosomen nachweisen. Spezifische Fluoreszenzfarbstoff-markierte Oligonukleotide dienen als Sonde zum Nachweis von kleinsten Chromosomenbereichen, die mit einem Fluoreszenz-Mikroskop darstellbar sind.

Die Methode der Fluoreszenz in-situ Hybridisierung kann an Metaphase-Chromosomen und an Interphase-Kernen durchgeführt werden.